Vandløbenes biologisk tilstand vurderes ud fra sammensætningen af smådyrene i Dansk Vandløbsfaunaindeks. Forbedringerne i den biologiske vandløbskvalitet skyldes en kombination af forbedret vandkvalitet og forbedrede fysiske forhold i vandløbene. Vandplanerne tager en række initiativer til forbedring af den biologiske tilstand i vandløbene.
Det er primært vandløbene Hove å, St. Vejleå og Lille Vejleå, der modtager det regnvand der falder i Høje-Taastrup Kommune. Se kort over kommunens vandløbsstrækninger på link i boksen til højre.
Hove å
Hove å afvander den nordlige del af kommunen. Hove å systemet med tilledning fra andre mindre vandløb starter i Høje-Taastrup Kommune, og løber gennem Roskilde Kommune ud til Roskilde Fjord. Vandløbet er ligeledes grænsevandløb til Egedahl Kommune. Målsætningen er DVFI 5 for Hove å. Målet er derfor at hæve det nuværende DVFI niveau fra moderat tilstand til god tilstand (DVFI 5) i samarbejde med nabokommunerne.
St. Vejleå
St. Vejleå modtager regnvand fra et stort opland i den sydlige del af kommunen. Vandløbet starter i Høje-Taastrup Kommune, og løber gennem Albertslund, Ishøj og Vallensbæk kommune. Vandløbet løber ud i Køge Bugt. Målsætningen for vandløbet er DVFI 5. Der er arbejdet med en del forbedringstiltag i forhold til en forbedret vandkvalitet samt bedre hydrologiske forhold i åen, men der skal fortsat arbejdes på at løfte DVFI fra moderat økologisk tilstand til god økologisk tilstand, svarende til DVFI 5. Dette sker i samarbejde med Albertslund, Ishøj og Vallensbæk Kommune.
Lille Vejleå
Lille Vejleå modtager regnvand fra et mindre opland, som dog er under byudvikling i den sydvestlige del af kommunen. Vandløbet starter i Høje-Taastrup Kommune, og løber gennem Ishøj og Greve kommune. Vandløbet løber ud i Køge Bugt. Målsætningen for vandløbet er DVFI 5. DVFI skal løftes fra ringe økologisk tilstand til god økologisk tilstand, svarende til DVFI 5. Dette sker i samarbejde med Ishøj og Greve Kommune.